1871年11月30日，琉球王国两艘贡船从宫古岛出发运送年贡去首里城，返回途中在海上遭遇台风，漂流到台湾南部高山族聚居的牡丹社地区，其中“八重山”号船获救，45名船员被地方当局和当地居民护送到台湾府城。另一艘“太平山”号船在台湾南部北瑶湾触礁沉没，69名船员中3名溺死，其余66名船员凫水上岸后与当地高山族牡丹社部落的居民发生冲突，结果54名船员被杀害。生存下来的12名船员得到了清朝官员保护被营救至府城，与那里的“八重山”号船员一起经由福建福州被送回琉球。历史上将这一事件称之为“牡丹社事件”。日本驻北京公使于1872年5月将此事件报告给日本明治政府。日本明治政府认为台湾、琉球自古以来就是中国的领土和附属国，“牡丹社事件”是中国的内政，所以当时并未做出任何反应。但是后来这一事件的发展竟然彻底地改变了琉球王国地位。
实际上，1868年以后，日本明治政府利用鸦片战争失败后满清帝国的衰落，开始逐步实施蓄谋已久的吞并琉球的计划。日本明治政府于1871年8月在日本全国实施了废藩置县的改革，但却在1872年10月，强制废除了琉球王国，设置了琉球藩。同时，日本明治政府向欧美各国通告了琉球属于日本领土，希望得到欧美各国的认可。并宣布今后琉球王国的一切外交事务由日本外务省接管。但是，保留琉球与大清国的关系。对此清政府向日本提出抗议，指出琉球自古以来就是中国的附属国，清政府对琉球拥有主权。中日两国在琉球归属的问题上明争暗斗，两国国家利益上的冲突愈演愈烈。
“牡丹社事件”过了10个多月以后，1872年9月，日本鹿儿岛县参事官大山纲良向日本外务省提出派遣军舰到台湾的建议。日本国内开始讨论“征讨”台湾的问题。时任日本陆军驻鹿儿岛部队司令，23年后成为日本驻台湾第一代总督的桦山资纪大力支持派兵“征讨”台湾，并积极开展日本政府内部鹿儿岛派要人的劝说工作。但是，日本明治政府认为尽管琉球王国接受鹿儿岛县的管辖，但是，琉球王国自古以来就是中国的附属国，目前仍保留着与大清国的从属关系，而且台湾更是中国的领土，“征讨”台湾涉及许多问题，不可造次。
但是，日本关于“征讨”台湾的想法引起了美国的兴趣。实际上，台湾当地土著人与外国人以前也发生过多起冲突。其中，“罗发”号事件一直令美国愤愤不平。1867年3月12日，美国商船“罗发”号自汕头驶赴牛庄，在台湾洋面突遇飓风，在红头屿附近沉没。14名船员乘舢板至琅峤尾龟仔角鼻山登陆后，被当地的土著人杀害，仅一名华人水手侥幸逃脱，乘船至高雄报案。
时任美国驻厦门领事的李仙得（C.W.Le Gendre）闻此事件后，立即赶赴福州，与闽浙总督吴棠及闽抚李福泰进行交涉，请求依据中美《天津条约》，严令台湾地方官员营救幸存人员，并严惩凶手。按照当时的国际法，李的要求是正当的。但是清政府地方官几次以 “番地为化外”为由推托，并不认真查办。最后李避开清朝官员，利用英国商人，通过当地熟番头人的关系，与生番酋长面议了和约。“罗发”号事件使通晓国际法的李等美国人，明知台湾全岛归中国管辖，却从“番地为化外”的用语中找到了台湾为“无主之地”的借口，并开始产生觊觎台湾的野心。此后5年间，李经常随同美舰赴台，与生番直接交流，成为著名的台湾通。
李仙得，1830年8月26日生于法国的望族，巴黎大学毕业。后与美国籍女士结婚，赴美定居，在南北战争中战功卓著。1866年12月，李任美国驻厦门领事，同时兼任台湾领事。1872年10月12日，李离华返美。李离开中国的主要原因，是美国驻华公使对他的“番策”很不热心。1872年2月，李听闻琉球人在台湾番地被杀的消息后，亲自乘船去台湾番地责问原由。回到厦门后，他给美国驻华公使及清政府提出建议，要求惩处生番的暴行。但美国驻华公使及清政府都不予理睬。不仅如此，美国驻华公使还批评他潜入台湾并公开与生番谈判是非法的。于是，李将情况上报美国政府，认为清政府及美国驻华公使都有放任生番暴行的嫌疑。因此，美国驻华公使与李极不相容。但当时的美国总统赞赏李的功绩，任命他做美国驻阿根廷公使，于是，李辞去了厦门领事之职，启程回国，中途在日本转船。
由于李通晓台湾事务，美国驻日本公使德朗（C.E.de Long）约见日本外务卿副岛种臣时，建议日本就“牡丹社事件”直接与台湾生番酋长交涉，并将李介绍给副岛。李对副岛说，台湾虽然归大清国的管辖，但是清政府对生番之地并不能实施有效管理，所以生番之地是无主之地，直接与生番酋长交涉不会引起清政府的抗议。甚至李还建议日本占领台湾。
日本政府接受了李的建议，派遣桦山资纪对台湾进行“考察”。11月，副岛上奏明治天皇，建议日本应当领有台湾生番的土地。这一建议对于当时的日本国力来说可谓过于大胆，时任日本大藏大臣助理井上馨等人从日本国家财政的角度提出了反对意见。“征讨”台湾最终演变为惩罚一下当地土著人。副岛开始了对大清国的外交交涉。为副岛种臣出谋划策的李仙得因此被日本政府以2倍于副岛种臣的工资而聘用。
副岛种臣出发前往大清国进行外交谈判是在1873年3月。到达大清国以后因清朝皇帝的谒见问题耽搁了3个月，1873年6月，副岛就琉球船员被杀一事正式向大清国政府提出抗议。对此，大清国总理衙门大臣毛昶熙回答，台湾岛番民向有生熟两种。其已服我朝王化者为熟番，已设州县施治。其未服者为生番，姑置之化外，尚未甚加治理。并且台湾、琉球“二岛具我属土，属土之士相杀，裁决固在于我，何预贵国事，而繁为过问？”并以“杀人者结属生番，故旦置之化外，未便穷洽”为由拒绝与日本进行交涉。对此，德朗和李仙得则断章取义地狡辩说，既然大清国认为生番为化外之民，就是认为生番之地不属于清政府的主权管辖范围，所以日本出兵“征讨”生番在国际法上没有问题。
但是，1873年6月日本国内发生“征韩论政变”，以西乡隆盛为代表的试图通过武力征服朝鲜的势力与以大久保利通为代表的主张内政优先的势力发生激烈冲突。“征讨”台湾一事被暂时搁置下来。最后政变导致以西乡隆盛为代表的征韩派退出政府，引起了日本国内的政治危机。此外，废藩置县政策实施后，也引起士族对政府的不满，国内矛盾日益尖锐。以大久保利通为代表的日本明治政府为了转移国内视线以及挽回因西乡隆盛辞职政府在官僚和军人中丧失的威信，决定通过“征讨”台湾谋求政府内部的团结。因此，直到“牡丹社事件”过了两年零三个月以后，日本明治政府于1874年2月6日正式决定“征讨”台湾。
日本为了“征讨”台湾作了周密的准备。首先，在外交上做好了如果大清国提出抗议，则通过交涉赢得时间，以取得军事上的胜利，并见机和解。在交涉中先不流露占领台湾的意思，根据情况的发展逐渐实现占领台湾的既定目标。其次，通过对杀害琉球船员的当地生番实施惩罚，向大清国强硬表示日本对琉球的主权。并设立了“台湾藩地事务都督”，由侵略军司令陆军中将西乡从道兼任，陆军少将谷干城和海军少将赤松则良任副职。参议员大隈重信任“台湾藩地事务局长官”，负责处理有关事务。
为了“征讨”台湾，日本政府还雇用了几名通晓台湾事务的外国人。但是，英国驻日本公使巴夏礼（H.S.Parkes）宣布中立，拒绝了日本雇用英国人的要求。巴夏礼以前担任过英国驻华公使，他认为如果日本侵台将会给中英贸易带来负面影响。由于巴夏礼的反对，其他国家也开始批评日本。一直支持日本台湾政策的美国驻日本公使德朗也被调回国，他的后任宾汉姆（J.A.Bingham）受巴夏礼的影响也开始批评日本的台湾政策。日本政府不得不电告正在长崎积极备战的西乡、大隈二人，责令延缓“征讨”台湾的计划。大隈准备服从命令，但是西乡拒绝服从。4月27日，载有第一梯队270名海军陆战队炮兵部队官兵的“有功丸”号从长期港出发。据说，日本侵略军参谋佐久间马太陆军中校（后来成为日本驻台湾第五代总督）接到政府命令延期的电文后，称这是发给西乡都督的电文，与部下无关，所以命令部队出发的。由于英、美两国的干涉，为了运输侵略军借来的外国船只无法出海，所以“有功丸”号严重超员，人数超出定员的2倍，美国随军记者豪斯（E.H.House）也随船出发。豪斯后来写下了《征台战役随军记》一书。
大久保利通为了阻止西乡等人于5月3日来到长崎，但是，侵略军的主力已于前一天出发了。船队由“日进”、“孟春”两艘军舰和“明光丸”、“三国丸”两艘运输舰组成，驻熊本步兵第19大队、驻东京第3炮兵队和通讯队，以及300名鹿儿岛志愿兵和负责辎重运输的大仓组人夫一起乘船出发。运输船是从三菱公司征用的。由于船只不足，大久保来到长崎时还有包括西乡从到在内的600名官兵没能登船。但是，几天以后，在大久保的认可下，西乡等人于5月18日乘“高砂丸”号出发。“高砂丸”是一艘旧船，600人登船后严重超员，在航行中发生几次漏水事故，船上也因饮用水不足发生几次争斗。尽管如此，日本政府在1874年5月19日向全国发出了关于出兵惩罚杀害琉球船员的台湾土著人的公告。这是近代日本第一次派兵侵略中国领土，在日本被称作“征台之役”。
1874年5月7日，日本侵略军在台湾南部的琅峤登陆。负责指挥登陆的是福岛九成少校。当地的小麻里部落和猪劳束部落分别向日军表示和好。当时日本在与当地部落交涉时虚张声势地称2万5千人的大军随后即到，实际上日本投入的兵力只有3568人。第二天日本军队开始征用当地人居民修建营地，5月10日后续部队到达后，并陆续登陆成功。在整个登陆过程中，日本侵略军并没有遇到实质上的抵抗。
登陆后，日本侵略军试图与山区深处的部落进行接触。5月11日，日军会见杀害琉球船员的牡丹社酋长，要求逮捕犯人，但遭到拒绝。5月17日，日军派出10名士兵侦查地形，有6名士兵遭到枪击，其中1人中弹死亡。据美国人随军记者豪斯记载，这6人是擅自离开队伍进入到部落中去的。被击毙的是鹿儿岛自愿兵班长北川直征。他成为近代日本发动的侵略战争中第一个被打死的人。此外，日本军舰“日进”号的小艇也遭到枪击，当时日本海军赤松则良少将正乘坐此舰。
之后数天大雨连绵，到了5月21日，距随军记者豪斯的记载，前去调查北川直征死亡现场的调查队调查发现，杀害北川直征的人不是牡丹社的高山族战士，而且日军告诫士兵不要擅自行事，不要轻易激怒当地高山族战士的命令也没有很好地被执行。调查队进一步深入到大山深处，遭到大约50名高山族战士的袭击，其中2名日军士兵受伤。日军派出部队增援，但是，高山族战士巧妙地利用地形不断进行反击，最后撤离战场。
5月22日，佐久间马太中校指挥的部队深入到前一天高山族战士撤离方向的山区。日军由第19大队的部分兵力、海军陆战队炮兵部队及少量通讯兵和鹿儿岛志愿兵大约500人组成。这些日军在通往牡丹社的石门地区与70名当地高山族战士遭遇，并展开激战。石门地区左右石山，正面是一个悬崖峭壁，地形十分险恶。当地高山族战士在日军看不到的地方向日军射击，但是日军武器装备优良，并登上左侧的山崖，从后面发动袭击，最后取得了战斗的胜利。在这次战斗中高山族战士共有12人牺牲。日军则有6名士兵战死，20余名士兵受伤。在此次战斗中牡丹社酋长阿禄父子战死，日军残忍地将他们的头割下，挑在竹竿上。这一天最后出发的西乡从道及其部下也到达了台湾。
由于连日大雨的影响，日军不得不暂停进攻。6月1日，日本侵略军对牡丹社部落发动了大规模的进攻。据日军事先侦查掌握的情报，牡丹社部落大约有250名高山族战士，加上地形十分复杂，所以日军进攻前格外小心。进攻部队出发的当天，由于前几天天降大雨，河水暴涨，有1名日军士兵在渡河时溺死。日军分成三个连队发起冲锋。主力部队由西乡从道亲自指挥，右翼部队由赤松少将指挥，左翼部队由谷少将指挥。总兵力为1700人。武器装备配备了大炮和重机枪，主力部队和左翼部队负责进攻牡丹社部落，右翼部队负责进攻高士佛社部落。6月3日，日军向牡丹社和高士佛社两部落发起最后进攻。在攻防作战中发生了一些小规模的战斗，但大部分虽然高山族战士均被打散。日军最终攻占了牡丹社，并以龟山为基地建立了“都督府”， 并修建医院、营房、道路，准备长期占领。此后，高山族战士一直在坚持游击战，抗击日军。为了追击逃亡的高山族战士，日军开展了与周边部落的交涉，并同50多个部落达成了和平的意向。至此，西乡从道向东京建议在当地实行殖民政策。（待续）

清政府起初对日本的侵台计划毫无所知，直到4月19日才从英国驻华公使威妥玛（T.F.Wade）处得知此事。5月11日，清政府照会日方诘责，并于5月14日下令派福建船政大臣沈葆桢为钦差大臣，率领舰队兵弁驰往台湾，并授予他处理日本侵台事件的军事外交大权。5月22日，闽浙总督李鹤年代表清政府正式向日本提出照会，严正声明台湾为大清国领土，日军侵台违反了大清国与日本于1871年9月13日签订的《清日修好条约》中关于领土互不侵犯的条款，要求日本立刻撤兵。但是，侵台日军对此不予理睬，继续准备针对牡丹社和参加了石门战役的高士佛社两部落的军事行动。
6月14日，沈葆桢同福建布政司潘霨、台湾道夏献纶等人从马尾分乘军舰前往台湾。沈葆桢等人到台后，立即开始向日军进行交涉。6月19日，潘霨、夏献纶在法国顾问的陪同下乘舰前往琅乔。6月21日，潘霨、夏献纶代表清政府与西乡从道交涉退兵事宜。潘霨、夏献纶指出，台湾在大清国的统治之下，日本通告出兵台湾时应邀请大清国派遣军队协助日本，对日本未提出邀请深表遗憾。并问西乡今后作何打算。西乡回答说，作战还在进行中，细节不便透露。大清政府官员要求日本立即撤兵，台湾的秩序将由大清国军队来维持，但是遭到西乡的蛮横拒绝。西乡狡辩说，清政府从未想过惩罚牡丹社的暴行，见日本出兵后，方才假意称对未邀请同行表示遗憾，清国缺乏信誉，所谓维护今后台湾的秩序只是祖上说说而已。但是，西乡此时一再表明日本无意侵犯大清国的领土，日本无意占领台湾。日军“征讨”台湾的目的只是希望在当地建立大清国没有能力建立起来的安全秩序。接下来西乡又说，既然台湾在大清国的统治之下，本来应当由大清国来做的惩罚犯罪，维护秩序有日本军队帮助做了，所以大清国应当向日本支付相应的费用。如此会谈三次，未得结果。
对于日本人的蛮横无礼，清政府积极开展外交工作，照会欧美各国指责日本出兵台外是违反国际法的行为，并得到了多数国家的支持。同时清政府也做出了如日本同意不撤兵将决心死战的决定。沈葆桢一边与日本人交涉，一边积极着手布置台湾全岛防务。他在台湾府城与澎湖增建炮台，安放西洋巨炮；在安平厦门间装置海底电线；增调淮军精锐武毅铭字军13营6500人入台，部置于凤山；陆上防务北路由台湾镇总兵负责，南路由台湾兵备道负责，海上防务，以扬武、飞云、安澜、清远、镇威、伏波六舰常驻澎湖，福星舰驻台北，万年舰驻厦门，济安舰驻福州；同时大力开通部落地区的道路，并派员招抚各处“番社”。清政府也相继运来洋炮20尊，洋火药4万磅，火药3万磅，士气民心为之大振，军事形势十分有利，使日军不能不有所顾忌。
进入7、8月份以后，台湾南部气候炎热，因水土不服，侵台日军中恶性疟疾流行，每天都有士兵病死。9月至11月间，为了保持战斗力，日军派出驻熊本步兵第11大队、第22大队和驻东京步兵第1大队接替侵台日军，但是，日军土气依旧低落。日本见战事不利，提出“和谈”，不得不寻求外交解决的途径。8月上旬，日本政府决定派遣大久保利通作为全权代表与大清国议和。9月，大久保利通偕顾问李仙得到达北京。在前后七次谈判中，日方仍坚执日本进兵的是“无主野蛮”之地，对此清政府予以严厉驳斥。大久保利通认识到，只有在清政府所坚持的“番地属中国版图”的前提下，才能和平解决日本侵台问题。当时清政府的内政外交也存在很多困难，于是在英国驻华公使威妥玛和法、美等国公使的出面调停下，清政府决计让步，于10月31日签订了《中日台湾事件专约》（《北京专约》）三条和互换凭单。《北京专约》专约条文如下：
为会议条款互立办法文据事：照得各国人民有应保护不致受害之处，应由各国自行设法保全，如在何国有事，应由何国自行查办。兹以台湾生番曾将日本国属民等妄为加害，日本国本意为该番是问，遂遣兵往彼，向该生番等诘责。今与清国议明退兵并善后办法，开列三条于后：
(一) 日本国此次所办，原为保民义举，清国不指以为不是。
(二) 前次所有遇害难民之家，清国定给抚恤银两。日本所有在该处修道建房等件，先行筹补银两，另有议办之据。
(三) 所有此事，两国一切来往公文，彼此撤回注销，永作罢论。至于该处生蕃，清国自宜设法，妥为约束，以期永保航客，不能再受凶害。
同时议妥的《互换凭单》规定：日本国从前被害难民之家，清国先准给抚恤银十万两。又日本退兵、在台地方所有修道、建房等件，清国愿留自用，准给费银四十万两，亦经议定。准于日本国明治七年(1874年)十二月二十日，清国同治十三年十一月十二日，日本国全行退兵，清国全数付给，均不得愆期。日本国兵未经全数退尽之时，清国银两亦不全数付给。立此为据。彼此各执一纸存照。
《北京专约》签订后，日军于12月1日撤出台湾。日本在这次侵台战争中，出动舰船18艘，兵员3568人，其中，11人战死，1人溺死，561人死于疟疾。另有120名人夫死于疾病。军费支出771万日元。
《北京专约》是一项丧权辱国的条约。明明是中国主权和台湾人民的生命财产受到严重损害，愚蠢的清政府竟然以“抚恤”及支付“修道、建房”费用为名向日本侵略者赔偿50万银两。更为甚者，约中竟有“兹以台湾生番曾将日本国属民等妄为加害”，日本出兵乃为“保民义举，清国不指以为不是”之语。这种苟且偷安的作法，不仅为日本吞并琉球提供了借口，而且极大地纵容了日本侵略者觊觎中国领土的野心。

日本侵台得手后得寸进尺，1875年4月，日军大举入侵琉球，禁止琉球向大清国进贡和接受大清册封，废除中国年号，改为明治年号。尽管当时的清政府软弱无能，但在琉球主权问题上始终未做出任何让步，从未承认琉球归属日本。1879年3月11日，日本明治政府派遣内務省秘书长松田道之赴琉球处理“琉球处分”事宜。3月31日，日本政府接管首里城，4月4日，宣布废除“琉球”藩，设置“冲绳”县。此举遭到琉球王族和琉球人民的抵抗。当时琉球王尚泰派使臣到北京朝廷哭诉，恳求大清保护属国，但是清政府在日本武力威慑下一味地厌战求和，除了提出毫无作用的“严重抗议”外，根本无法阻止日本军队和警察对琉球人民的镇压。

此后，清政府就琉球归属问题不断与日本明治政府交涉。针对日本明治政府的强硬态度，清政府提出一个将琉球王国一分为三的妥协方案。即，北部的奄美群岛划归日本，中部的琉球群岛归属琉球王国，南部的先岛群岛划归中国。而日本政府则于1880年4月提议将琉球王国一分为二，北部的奄美群岛和中部的琉球群岛为日本领土，南部的先岛群岛为大清领土。此时正值沙皇俄国在我北部边界欺负大清无能，掠夺蚕食。清政府迫于腹背受敌，内外交困，于1880年9月向日本作出让步，接受日本的二分法，草签了分界条约。按此条约，日本明治政府准备将日本控制下的包括宫古群岛、石垣岛、八重山群岛在内的先岛群岛归还中国。但此条约在北京遭到清政府重臣的大力抨击，指责该条约是卖国条约，主战派甚至主张立即派兵，不惜与日本决战到底。最后李鸿章上奏折说：“日人多所要求，允之则大受其损，拒之则多树一敌，唯有以延宕一法，最为相宜”。清政府随后搁置此案，拒绝在条约上签字。日本再三催促也没结果，此后，日本干脆装聋作哑，一直非法占据着整个琉球。
1882年，日本驻天津领事竹添信一郎与清政府就琉球问题恢复谈判，但未达成协议。琉球归属问题一直拖至甲午战争。1894年，中日甲午战争爆发，大清国战败。1895年、清政府与日本签订了丧权辱国的《马关条约》，清政府向日本割地赔款。对于失去了台湾、澎湖列岛和辽东半岛的清政府来说，在琉球归属问题上更是丧失了发言权。在此后的100多年间，琉球列岛的归属问题开始逐渐被国人遗忘。

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